重庆大学药学院起源于2002年重庆大学设立的药学系；

2011年，5月重庆大学成立创新药物研究中心；

2015年，12月重庆大学药学学科调整成立药学院，同时将药学一级学科硕士学位授权点调整至药学院；

2016年，药学院整合学科设三个系：药物化学系，药理与药剂学系，药物分析、药物设计与天然药物学系；六个学科方向：天然药物化学、药物化学、药理学、药物分析、药剂学、生药学；

2016年，12月获批建设“天然产物全合成与创新药物研究”重庆市重点实验室；

2020年，获批药学一级学科博士学位授权点；

2022年，牵头申报获批“肿瘤与病菌靶向新药创制”教育部工程研究中心。